Arrêt maladie fonctionnaire : règles dans la fonction publique

À RETENIR : Comment fonctionne un arrêt de travail dans la fonction publique ?

Un fonctionnaire en activité ou en détachement peut bénéficier d’un congé de maladie, anciennement appelé congé de maladie ordinaire (CMO) s’il répond aux conditions suivantes :

• Il est en activité ou en détachement ;
• Il présente une maladie ou est victime d’un accident survenu hors de son temps de travail ;
• Il est dans l’impossibilité d’exercer ses fonctions en raison de son état de santé.

Découvrez ci-après les essentiels à savoir l’arrêt de travail dans la fonction publique.

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Qui paye les indemnités du fonctionnaire pendant un arrêt maladie ?

L’arrêt maladie d’un fonctionnaire peut durer jusqu’à 12 mois. Le principe est désormais le versement de 90 % du traitement indiciaire pendant les 3 premiers mois de l’arrêt. Le traitement est ensuite réduit à moitié pour les 9 mois suivants.

Pendant son arrêt de travail pour maladie, le fonctionnaire perçoit les indemnités suivantes :

• Une indemnité versée par l’administration employeur ;
• Des indemnités journalières pour maladie versées par la sécurité sociale.

Quel est le montant des indemnités perçu par le fonctionnaire en cas d’arrêt maladie ?

Le fonctionnaire est en premier lieu rémunéré par l’administration employeur s’il présente au moins 4 mois d’ancienneté. Pour ce faire, il est payé à plein traitement ou à demi traitement en fonction de la durée de l’arrêt maladie.

Voici un tableau récapitulatif du mode de calcul de l’indemnité :

Depuis le 1er mars 2025, la rémunération pendant les 90 premiers jours d’arrêt est plafonnée à 90 % du traitement indiciaire, même pour les fonctionnaires titulaires. Ce plafonnement s’applique quelle que soit l’ancienneté.

La Sécurité sociale verse également des indemnités journalières pour maladie au fonctionnaire. Lorsque l’agent perçoit la rémunération à plein traitement, le montant de l’indemnité de la sécurité sociale est déduit du montant du plein. Lorsque l’agent perçoit la rémunération à demi-traitement, le montant est déduit du demi-traitement.

En pratique, lorsque la CPAM (Caisse primaire d’assurance maladie) a validé la demande d’indemnisation du fonctionnaire, ce dernier doit le communiquer à son administration employeur pour qu’il calcule l’indemnité complémentaire permettant d’atteindre le bon niveau de traitement.

Comment procéder en cas d’arrêt de travail pour maladie ?

Pour bénéficier de ses droits pendant un arrêt de travail pour maladie, l’agent de la fonction publique doit respecter les procédures suivantes :

• Il remet à l’administration employeur l’avis d’arrêt de travail prescrit par son médecin traitant, son chirurgien-dentiste ou sa sage-femme. Pour ce faire, il dispose d’un délai de 48 heures à compter de la consultation médicale.
• L’avis comporte 3 volets, le fonctionnaire doit conserver le premier volet et remettre le volet n° 2 et n° 3 à son administration employeur.

En cas de non-respect du délai imposé, le fonctionnaire s’expose à certaines sanctions. À titre d’exemple, si la transmission de l’avis est en retard, ce premier retard ne sera pas pénalisé. En revanche, l’administration l’avertira qu’en cas de nouvel envoi tardif lors des 24 mois suivants, il subira une réduction de sa rémunération.

Comment un avocat peut-il vous aider en cas de conflit avec l’administration sur l’arrêt de travail ?

Dans certains cas, l’administration peut refuser l’indemnisation ou proposer un montant assez bas. Le cas échéant, un avocat vous aidera en vous expliquant la situation. Il pourra également vous accompagner, que vous optiez pour un recours à l’amiable ou un recours contentieux. Il endossera les fonctions suivantes :

• Il évaluera votre dossier, vérifiera si vous avez respecté les procédures administratives, ou encore si le refus de l’indemnisation n’est pas dû à une violation de certains droits.
• Il vous donnera des conseils personnalisés suite à l’examen de votre situation.
• Il vous informera des lois et règlements en vigueur et vous les interprètera dans votre cas.
• Il contribuera à la préparation des documents juridiques en cas de recours contentieux. Pour ce faire, il s’assurera que les demandes soient correctes et précises, que les points de droit sont évoqués et que les éléments essentiels soutenant vos propos y figurent.
• Il vous représentera devant le tribunal et plaidera en votre nom pour assurer une défense efficace.

Pour conclure, un agent de la fonction publique peut bénéficier d’un arrêt de travail lorsqu’il est nécessaire en raison de son état de santé. Toutefois, il doit suivre les procédures imposées. Si vous avez d’autres questions sur les statuts particuliers aux fonctionnaires, posez-les à l’un de nos avocats spécialisés en droit du travail.

POINTS CLÉS À RETENIR

• Le fonctionnaire bénéficie d’un arrêt maladie lorsqu’il est dans l’impossibilité d’exercer ses fonctions en raison de son état de santé.
• Les indemnités du fonctionnaire pendant un arrêt maladie sont payées par l’administration employeur et la Sécurité sociale.
• Depuis mars 2025, la rémunération des 3 premiers mois est limitée à 90 % du traitement indiciaire.
• Le montant des indemnités est calculé en fonction de l’ancienneté du fonctionnaire et de la durée de l’arrêt maladie.
• Le fonctionnaire dispose d’un délai de 48 heures pour transmettre à l’administration employeur l’avis d’arrêt de travail.
• En cas de conflit avec votre employeur, un avocat spécialisé en droit du travail peut vous aider à régler le litige.