Perte de salaire pendant un arrêt maladie : quels sont vos droits ?

Pendant un arrêt maladie, vous pouvez recevoir des indemnités journalières de la CPAM et, selon votre situation, un complément de votre employeur. Ces sommes ne remplacent pas toujours votre salaire habituel : leur montant dépend notamment de vos droits aux indemnités, de votre ancienneté et de votre convention collective. Si la somme versée vous semble incorrecte, un avocat en droit du travail peut vous aider à vérifier ce qui vous est dû et quels recours envisager.

Quel montant percevoir pendant un arrêt maladie ?

Quand vous êtes en arrêt maladie, votre contrat de travail est suspendu : vous ne percevez donc pas votre salaire habituel pour les jours où vous ne travaillez pas. Des indemnités peuvent toutefois compenser une partie de cette perte de revenus.
Deux sommes peuvent vous être versées :

• les indemnités journalières (IJ), payées par la CPAM si vous remplissez les conditions ;
• un complément de salaire, versé par l’employeur lorsque la loi, votre convention collective ou un accord d’entreprise le prévoit.

Les indemnités journalières de la CPAM

Pour un salarié payé au mois, la CPAM calcule l’IJ à partir du salaire brut des trois mois précédant l’arrêt :

• Salaire journalier de base (SJB) = total des salaires bruts des trois derniers mois ÷ 91,25
• IJ brute = 50 % du SJB

Le salaire retenu est plafonné à 1,4 fois le Smic mensuel. Pour un arrêt commencé à partir de juillet 2026, l’IJ ne peut pas dépasser 42,97 € bruts par jour. Des prélèvements s’appliquent ensuite : 6,2 % au titre de la CSG et 0,5 % au titre de la CRDS. Les IJ peuvent aussi être soumises au prélèvement à la source de l’impôt sur le revenu.

Le calcul peut différer pour certaines situations, notamment en cas d’activité saisonnière. Pour en savoir plus, consultez notre article sur les indemnités journalières en cas d’arrêt maladie.

Le complément de salaire de l’employeur

L’article L. 1226-1 du Code du travail prévoit un complément légal si plusieurs conditions sont remplies :

• avoir au moins un an d’ancienneté ;
• avoir transmis son arrêt à l’employeur dans les 48 heures ;
• relever d’un régime de Sécurité sociale ouvrant droit à une indemnisation ;
• être soigné en France ou dans un autre pays de l’Espace économique européen.

Le dispositif légal ne concerne pas les salariés travaillant à domicile, les salariés saisonniers, intermittents ou temporaires. Une convention collective ou un accord d’entreprise peut prévoir des règles plus favorables.
Lorsque le salarié y a droit, le complément, ajouté aux IJ, porte sa rémunération brute à 90 % pendant une première période, puis à deux tiers pendant une seconde période.

La durée de ces périodes dépend de son ancienneté :

Voici comment mieux comprendre ces pourcentages qui s’appliquent par tranche d’ancienneté :

• Un employé qui travaille dans une société depuis 8 ans se situe dans la tranche d’ancienneté de 6 ans à moins de 11 ans. En cas d’arrêt maladie, il a le droit de toucher 90 % de sa rémunération durant 40 jours. Ce pourcentage est de 66,6 % pendant les quarante jours suivant l’arrêt maladie.
• Pour le cas d’un salarié qui n’a qu’un an d’ancienneté, les fractions citées préalablement seront appliquées comme suit : 30 + 30 jours.
• Si le salarié est présent dans l’entreprise depuis plus de 31 ans, ses indemnités journalières seront calculées en se basant sur les fractions « 90 + 90 jours ».

Cas pratique : Sophie gagne 2 400 € bruts par mois, montant qu’elle a perçu au cours des trois derniers mois. Elle est en arrêt maladie du 1er au 30 septembre 2026 et remplit les conditions pour être indemnisée.

Sa convention collective prévoit un maintien de 90 % du salaire brut dès le premier jour d’arrêt, avec prise en charge des jours de carence par l’employeur.

1. Les indemnités journalières de la CPAM

• Son indemnité journalière est calculée ainsi :

(2 400 € × 3) ÷ 91,25 × 50 % = 39,45 € bruts par jour

• Après les trois jours de carence, la CPAM indemnise 27 jours :

39,45 € × 27 = 1 065,15 € bruts d’IJ

2. Le complément de l’employeur

• Le maintien prévu par sa convention collective correspond à :

2 400 € × 90 % = 2 160 € bruts, IJ comprises

• L’employeur déduit les IJ pour calculer son complément :

2 160 € − 1 065,15 € = 1 094,85 € bruts de complément employeur

3. La perte de revenu

• Salaire habituel : 2 400 €
• IJ de la CPAM  : 1 065,15 €
• Complément employeur : 1 094,85 €
• Total pendant l’arrêt : 2 160 €
• Perte sur le mois : 240 €

Sophie perd donc 240 € en comparant les montants bruts. Sa perte nette sera différente, car les IJ et le complément employeur ne supportent pas les mêmes prélèvements.

Qu’est-ce que la subrogation ?

La subrogation permet à l’employeur de recevoir directement les IJ de la CPAM, au lieu que celles-ci soient versées sur le compte du salarié. L’employeur les intègre alors au calcul des sommes versées pendant l’arrêt, avec le complément auquel le salarié a droit.

La subrogation peut être mise en place lorsque l’employeur maintient tout ou partie du salaire et que le montant maintenu pour la période concernée est au moins égal aux IJ. Elle ne signifie donc pas nécessairement que le salarié reçoit son salaire intégral. La période de subrogation peut aussi être plus courte que la durée de l’arrêt.

Perte de salaire pendant un arrêt maladie : quels cas particuliers ?

Les règles de rémunération des fonctionnaires diffèrent de celles des salariés du privé. Le congé maternité relève également d’un dispositif distinct, avec ses propres conditions d’indemnisation.

Le cas du fonctionnaire

La rémunération dépend du congé accordé :

• Congé de maladie ordinaire : 90 % du traitement indiciaire pendant trois mois, puis 50 % pendant neuf mois, avec un jour de carence sauf exception. Les arrêts précédents peuvent réduire les droits restants.
• Congé de longue maladie (CLM) : 100 % du traitement indiciaire pendant un an, puis 60 % pendant deux ans dans la fonction publique d’État, ou 50 % dans les fonctions publiques territoriale et hospitalière.
• Congé de longue durée (CLD) : 100 % du traitement indiciaire pendant trois ans, puis 50 % pendant deux ans, pour certaines affections seulement.

Ces pourcentages concernent le traitement indiciaire, c’est-à-dire la rémunération de base hors primes. Pour connaître les règles applicables aux primes et les conditions de chaque congé, consultez notre article sur l’arrêt maladie du fonctionnaire.

Le cas d’une salariée en congé maternité

Le congé maternité suit des règles différentes de l’arrêt maladie. Si les conditions d’indemnisation sont remplies, les IJ maternité sont dues dès le premier jour, sans carence. La salariée doit cesser son activité pendant au moins huit semaines, dont six après l’accouchement : elle n’a pas à attendre huit semaines pour être indemnisée.

Le montant est faux ou le paiement n’arrive pas : que faire ?

Commencez par vérifier quelle somme manque ou semble incorrecte : les IJ de la CPAM, le complément employeur, ou les deux. Les interlocuteurs et les démarches ne sont pas les mêmes.

Si les IJ de la CPAM sont en retard ou mal calculées

L’employeur transmet à la CPAM une attestation de salaire. La CPAM s’appuie sur les informations qu’elle contient pour examiner vos droits et calculer le montant des IJ. Si vous ne recevez rien, vérifiez auprès de votre employeur que cette attestation a bien été envoyée, puis contactez la CPAM depuis votre compte ameli pour savoir si votre dossier est complet.

Si le montant vous paraît erroné :

• consultez vos relevés d’IJ dans votre compte ameli ;
• vérifiez que les salaires et les périodes retenus correspondent à vos bulletins de paie ;
• demandez à l’employeur de corriger l’attestation si une information est inexacte ;
• contactez la CPAM pour demander une explication ou une régularisation.

Si vous contestez une décision administrative de la CPAM concernant vos droits aux IJ ou leur montant, vous devez d’abord saisir sa commission de recours amiable (CRA) dans les deux mois suivant la notification de cette décision.

Après avoir saisi la CRA, deux situations sont possibles :

• La CRA vous informe qu’elle rejette votre recours : vous avez deux mois à partir de la réception de cette réponse pour saisir le tribunal judiciaire, pôle social.
• La CRA ne vous répond pas : après deux mois sans réponse, votre recours est considéré comme rejeté. Vous avez alors deux mois supplémentaires pour saisir ce tribunal.

Si le complément ou le maintien de salaire est incorrect

Comparez votre bulletin de paie avec le relevé d’IJ et les dispositions de votre convention collective. Demandez ensuite au service de paie une explication écrite sur le calcul et, si nécessaire, sa correction.

Si l’employeur pratique la subrogation, vérifiez aussi la période déclarée et les sommes inscrites sur le bulletin : la CPAM peut verser les IJ à l’employeur, mais le bulletin doit faire apparaître le calcul des sommes dues au salarié.
Si le désaccord persiste, vous pouvez demander conseil à un représentant du personnel, à un syndicat ou à un avocat en droit du travail.

Une action en paiement du salaire se prescrit par trois ans à compter du jour où le salarié a connu ou aurait dû connaître les faits lui permettant d’agir, conformément à l’article L. 3245-1 du Code du travail.

Une perte de salaire pendant un arrêt maladie peut peser sur votre quotidien, surtout lorsque l’arrêt se prolonge. Vous avez donc intérêt à vérifier que vous recevez bien toutes les sommes auxquelles vous avez droit, y compris celles prévues par votre convention collective. Si vos demandes restent sans réponse ou qu’un désaccord persiste sur les montants versés, un avocat en droit du travail peut vous aider à contester le calcul et à réclamer les sommes dues.

FAQ

Peut-on toucher son salaire à 100 % pendant un arrêt maladie ?

Oui, si votre convention collective ou un accord d’entreprise prévoit un maintien intégral de votre salaire. Vérifiez aussi la durée de cette garantie et la prise en charge des jours de carence : le maintien à 100 % ne couvre pas forcément tout l’arrêt.

Les indemnités journalières s’ajoutent-elles aux 90 % versés par l’employeur ?

Non. Dans le cadre du maintien légal à 90 %, les IJ sont comprises dans ce pourcentage. L’employeur verse uniquement le complément nécessaire pour atteindre 90 % de la rémunération brute que vous auriez perçue en travaillant.

Peut-on recevoir des IJ avec moins d’un an d’ancienneté ?

Oui. Le droit aux IJ dépend de votre activité ou de vos cotisations avant l’arrêt, pas de votre ancienneté chez votre employeur actuel. En revanche, le complément légal de l’employeur nécessite au moins un an d’ancienneté ; votre convention collective peut prévoir une indemnisation plus tôt.

Pourquoi la CPAM verse-t-elle mes indemnités à mon employeur ?

Votre employeur pratique probablement la subrogation : il maintient tout ou partie de votre rémunération et reçoit directement les IJ de la CPAM pour la période concernée. Ces indemnités sont alors prises en compte dans les sommes qu’il vous verse ; elles ne donnent pas lieu à un second paiement sur votre compte.

Pourquoi mes revenus baissent-ils davantage lorsque l’arrêt se prolonge ?

Le complément de l’employeur est limité dans le temps. Avec un à cinq ans d’ancienneté, le dispositif légal prévoit 30 jours indemnisés à 90 % du salaire brut, puis 30 jours aux deux tiers, IJ comprises. Une fois ces droits épuisés, le complément légal cesse ; une convention collective ou un régime de prévoyance peut toutefois prévoir une autre prise en charge.

POINTS CLÉS À RETENIR :

• Un arrêt maladie peut entraîner une baisse de revenus, car les indemnités de la CPAM et le complément éventuel de l’employeur ne couvrent pas toujours le salaire habituel.
• Les IJ maladie correspondent à 50 % du salaire journalier de base, dans la limite du plafond applicable.
• Le complément légal de l’employeur permet d’atteindre 90 % du salaire brut, puis deux tiers, IJ comprises, pendant des durées qui dépendent de l’ancienneté.
• La convention collective peut prévoir une indemnisation plus favorable, notamment un maintien intégral du salaire ou la prise en charge des jours de carence.
• La subrogation permet à l’employeur de recevoir les IJ à la place du salarié, sans garantir à elle seule le maintien intégral du salaire.
• En cas d’erreur ou de retard, contactez la CPAM pour les IJ et votre employeur pour le complément de salaire, en vous appuyant sur vos relevés d’indemnités et vos bulletins de paie